Association loi 1901, le Conseil national des Villes et Villages Fleuris est chargé d'organiser et de promouvoir le label des Villes et Villages Fleuris.

Son Conseil d'Administration est composé de représentants du secteur public (ministères, collectivités locales, organismes publics) et de représentants des secteurs professionnels du tourisme, de l'horticulture et du paysage.

Une équipe de quatre personnes en assure le fonctionnement. Son budget est assuré par les adhérents de l'association, l'inter-profession horticole VAL'HOR, le ministère en charge du Tourisme et certains partenaires.

Le CNVVF constitue le cadre général de l'organisation et est le seul garant du label. Il initie les réflexions autour de l'évolution du label.